故事发生在上世纪七十年代初期。上山下乡运动如火如荼，庄会生（史天庚 饰）因暗恋叶晓帆（王媛可 饰），偷改志愿，结果事与愿违，独自去了陕北，而叶晓帆、乔海洋（张译 饰）等人则分配到东北建设兵团。纨绔子弟段军对叶一见倾心，但叶只对海洋有好感。范学东（刘向京 饰）心胸狭窄，一次次给开朗乐观的海洋下套，但都被大嘴连长（程煜 饰）解围。刘北上（王桂峰 饰）与海洋亲如兄弟，他喜欢上郑红梅（沈傲君 饰），而红梅暗恋的却是乔海洋。叶晓帆对段军的骚忧防不胜防，为此海洋与他大打出手，但最终晓帆还是落入段军设下的圈套，被其强奸致孕，自杀时被招工回城的庄会生救下，闻讯后的乔海洋彻底绝望......

《兵团岁月》讲述了上个世纪六十年代中期到末期，新中国第一批知识分子在生产建设兵团屯垦戍边的艰辛而光荣的青春故事。剧情主要分为两大段，在跨越近十年的屯垦戍边的生活中，广大建设者经历了兵团体制的兴衰、新疆三线建设的起落，他们也从风华正茂到上有老下有小，但经历了种种磨难和困苦，依然用青春和智慧，汗水与鲜血，铺就了屯垦戍边不朽的岁月篇章。

第一大段是从上世纪六十年代中期到兵团体制的兴衰。在这一时期，知青们在条件艰苦、生活恶劣的边疆兵团接受再教育，成长锻炼。主人公、大学教师齐力是因为父亲的关系被下放到兵团农八师147团（焉耆县一个叫莫索湾的地方），同时来的还有从清华等高校来的大学生们。虽然环境艰苦，但青年人都有自己的理想和热情，他们在苦中寻乐，相依为命。在这个过程中，他们共同成长，齐力与李淑兰经历了从陌生到理解、再到相爱的过程；齐力还帮助田福成从放羊娃建立农业合作社，走上了农业致富的道路。同时，这里的女知青们也都从最初的“娇小姐”到爱上劳动和生活，与男知青们建立了深厚的感情。

第二大段是上世纪六十年代末期到新疆三线建设的起落。这一时期，许多知青离开了兵团。但齐力坚持下来，他爱上了兵团女战士、医生李淑兰。李淑兰对齐力的感情也经历了从同情到爱恋的变化。但这时齐力却因为父亲的问题被迫离开了兵团。

在离开之前，他带领大家修建了莫索湾第一个小舞台，他弹琴唱歌，带领大家自编自演节目，庆祝兵团战士们自己修建的小舞台落成。他唱出了“我们的生活并不缺少美，只是我们没有发现美的眼睛……”这一首诗深深打动了李淑兰。

在离开时，他与李淑兰在送别的舞台上跳起了新疆舞。最后他深情地唱出了“再见了亲爱的兵团战友们”，表达了他对这段生活的怀念和不舍。

在新疆三线建设时期，虽然有老兵团的退出，也有新兵团的进入。但青年们依然用他们的热情和智慧建设着边疆。剧中人物田福成因为懂技术而当上了副团长；齐力因为执着和坚持被调到了农七师文工团；女知青们也都有了各自的生活和事业。

最后是知青们的回归和边疆的繁荣发展。经历了改革开放后，李淑兰当了团长，带领兵团走向了现代化；齐力也带着对兵团的深厚感情重回故地，而他们的孩子们也在这样的家庭氛围中长大成人。同时随着国家西部大开发战略的实施和新疆地区经济的迅速发展，边疆建设需要更多的建设者和保卫者。在这样的背景下，更多的年轻人投身到新疆的建设中来。

剧中的《兵团岁月》不仅展现了屯垦戍边的生活，还通过剧中人物的经历展现了时代的发展和社会的变迁。它让我们看到了青春的力量和坚韧不拔的精神，也让我们感受到了责任和担当的重要性。它是一部感人至深的电视剧，也是一部具有深刻意义的作品。