主要讲述了女主作为穿越的现代的医生云若月，与楚国“第一战神”前太子楚玄辰互相成就与救赎的故事。战神是“杀戮”而医生是“救赎”，“白衣天使”救赎了“孤勇王爷”。楚玄辰天生潇洒倜傥，聪明睿智，有勇有谋，背负着弑父之仇，是云若月医人更医心，二人从互相嫌弃到放下偏见，再到互相欣赏终至一生一双人，感情徐徐展开，渐渐升华。在帮助楚玄辰完成家国天下的过程中患难与共，互相敞开心扉，同心协力，医治天下百姓，解决苍生疾苦，终得大成。

《我的医妃不好惹3》是一部以古代宫廷为背景的言情剧，继承了前两部的精彩情节，讲述了主人公顾慕容和她的医妃身份所带来的种种挑战和情感纠葛。在这一部中，故事更加曲折激烈，人物关系更加错综复杂，让观众们一次次沉浸在古代宫廷的爱恨情仇中。

故事从上部结尾的悬念开始，顾慕容（女主角）在上部结尾陷入了重重危机之中，她的处境十分危险，而她的爱人皇上也身处险境，面临着来自宫廷内外的种种威胁。在第三部的开头，观众就能看到顾慕容和皇上的爱情受到了极大的考验，他们不得不面对来自权力和宫廷阴谋的考验。

与此同时，顾慕容的医妃身份也成为了她生活的一部分。她的医术在宫廷中备受赞誉，但也引来了嫉妒和阴谋。在这一部中，顾慕容的医术不仅成为了宫廷权力争夺的工具，也成为了她和皇上爱情之间的障碍。她不得不在爱情和责任之间做出艰难的选择，而这种选择往往意味着牺牲。

除了爱情和宫廷权力斗争，故事还深入探讨了人物之间的情感纠葛。除了顾慕容和皇上之外，还有一系列令人难以忘怀的配角，每个人物都有自己的故事和动机，他们的行为和选择也都影响着整个故事的走向。观众们可以在剧中看到友情、亲情、爱情的交织，以及人性的复杂和多样性。

在剧情的高潮部分，顾慕容和皇上面临着更加艰难的抉择和挑战。他们不得不在权力和爱情之间做出选择，而这种选择往往是残酷和无情的。然而，正是在这种挑战和考验中，他们的爱情得到了更加深刻的升华，他们的关系也变得更加牢固和坚定。

最终，经过一系列波折和挑战，顾慕容和皇上终于战胜了一切困难，他们的爱情也得到了最终的确认和认可。然而，故事的结局并不是简单的幸福，而是一种更加深刻和成熟的爱情，他们学会了彼此理解、包容和支持，共同面对未来的一切挑战。

《我的医妃不好惹3》不仅是一部情节扣人心弦的宫廷言情剧，更是一部深刻探讨爱情、权力和人性的作品。通过主人公顾慕容和皇上的故事，观众们可以看到爱情的伟大和美好，也可以看到人性的复杂和多样性，这使得这部剧成为了观众心中的经典之作。