一部记录名侦探柯南和海东小子之间对抗的电影，包括用新的动画重拍海东小子首次亮相。
剧情简介：
在豪华的观光游轮“贝加摩号”上，名侦探柯南和他的伙伴们受邀参加一场盛大的拍卖会。然而，当拍卖会的明星拍品“蓝色宝石——天之瞳”被神秘盗窃时，柯南收到了来自怪盗基德的挑衅书，宣告他将亲自前来窃取这颗宝石。
柯南和毛利小五郎等警官迅速展开调查，但基德的踪迹却难以捉摸。与此同时，柯南发现了一个奇怪的现象：船上出现了一个和基德一模一样的假扮者，试图嫁祸真基德。
随着调查的深入，柯南发现假基德是从十年前沉没的神秘邮轮“贝尔摩德号”上逃脱的犯罪分子，他与基德有着千丝万缕的联系。而真基德的目标并非仅仅是偷取宝石，而是揭开“贝尔摩德号”沉没的真相。
在柯南和基德的联手之下，他们逐步揭开了隐藏在沉船事件背后的阴谋。原来，“贝尔摩德号”上曾经运载着名为“潘多拉”的神秘盒子，里面装着足以颠覆世界格局的重要资料。
事件的关键人物是一位名叫贝尔摩德的女扒手，她同时也是一个组织的成员。贝尔摩德曾经在“贝尔摩德号”上偷走了“潘多拉”，并将其交给了一个神秘的国际犯罪组织。
柯南和基德必须在限时之内阻止贝尔摩德的同伙夺回“潘多拉”，才能避免一场全球浩劫。他们分别使用各自擅长的推理和易容术，潜入犯罪组织的秘密基地，与之展开一场激烈的较量。
在一番智力与武力的对决之后，柯南和基德成功夺回了“潘多拉”，并识破了国际犯罪组织的阴谋。而假基德的真实身份也浮出水面，他竟然是沉船事件的幸存者之一，为了报仇而披上了基德的马甲。
随着事件的落幕，基德神出鬼没地消失在游轮上，而柯南也继续他的侦探生涯。虽然他们这次联手破案，但他们的猫鼠游戏仍将继续，一场场精彩的较量还在后面。
人物介绍：
江户川柯南：一名小学侦探，有着过人的推理能力，真实身份是高中生工藤新一。
怪盗基德：一名神秘的怪盗，拥有高超的易容术和盗窃技术，被称为“月光魔术师”。
毛利小五郎：一位侦探，柯南的监护人，推理能力平庸，却误打误撞破获了不少案件。
毛利兰：小五郎的女儿，柯南的青梅竹马，空手道高手。
灰原哀：原先为黑衣组织的科学家，后因叛变组织而缩小身体，化名为灰原哀。
贝尔摩德：一名女扒手，组织的成员，拥有易容术，是怪盗基德的劲敌之一。
假基德：沉船事件的幸存者，为了报仇而假扮基德，企图窃取“天之瞳”。
